El 20 de junio de 1526, Carlos I escribió a Hernán Cortés y le encargó enviar barcos por la mar del Sur “en demanda de las dichas islas del maluco, hasta hallar nuestras gentes que en ellas están”.

Cortés ya se había adelantado mandando construir naves en Ciuatlán. Decidió encomendar esta misión a su primo Saavedra Cerón, a quien dio el 28 de Mayo de 1527 unas instrucciones escritas muy detalladas sobre lo que tenía que hacer, y muchos consejos.

La forma y detalles en que le da estos consejos hacen pensar que Cortés sentía un aprecio muy especial por Saavedra Cerón, del que se siente protector (quizás, al ser Hernán Cortés hijo único, veía en su primo un hermano menor). Además, le trata como persona de poca experiencia, lo que hace pensar que Alonso era bastante más joven que Hernán (que nació en 1485). por todo ello, no es difícil pensar que Álvaro naciera después de 1495 e, incluso después de 1.500.

Los objetivos de la expedición "a las islas de Malucos" eran varios:

- Encontrar la nave "Trinidad", de la expedición de Magallanes

- Socorrer a las Armadas de Loaysa y Caboto, que se consideraban perdidas cerca de Filipinas; para ello, iba bien provisto de materiales de rescate.

- Descubrir tierras en el mar del Sur.

El viaje de ida

Partieron de Ciuatlanejo el 31 de octubre de 1537.

Iban las naos "Florida" y "Sancti Spiritus" y el bergantín "Santiago".

Francisco López de Gómara (capellán de Hernán Cortés a su regreso a España) narra así el comienzo del viaje, en su "Historia de la conquista de México", escrito hacia 1.545:

...determina enviar tres navíos a las Molucas, y hacer camino allá una vez para cumplir después su palabra, y también porque aportó a Ciuatlán Ortuño de Alango, de Portugalete, con una patache que fue con la armada del dicho Loaisa, estando malo Marcos de Aguilar, por sobra de muchos vientos, o por falta de no saber la navegación del Tidore.

Echó pues al agua tres navíos. En la nao capitana, dicha Florida, metió cincuenta españoles; en otra, que nombraron Santiago, cuarenta y cinco con el capitán Luis de Cárdenas, de Córdoba; y en un bergantín, quince, con el capitán Pedro de Fuentes, de Jerez de la Frontera. Armólas de treinta tiros; basteciólas de provisión en abundancia, como para tan largo y no sabido viaje se requería, y de muchas cosas de rescate. Hizo capitán dellas a Álvaro de Saavedra Cerón, su pariente, el cual se partió del puerto de Ciuatlanejo, día o víspera de Todos los Santos del año de 1527. Anduvo dos mil leguas, según la cuenta de los pilotos, aunque por derecha navegación no hay mil y quinientas. Llegó con sola la nao capitana; que las otras el viento las desparció de la conserva, a unas muchas islas, que por ser tal día cuando llegaron, les dijeron de los Reyes; las cuales están poco más o menos a once grados a este cabo de la equinoccial.

Aunque hay confusión al respecto, parece ser que las islas de Reyes (Uiu) ya eran conocidas como las de los Ladrones (las había visitado Magallanes) y, mucho después, como las Marianas. Con el tiempo, además, se distinguió entre Guaján (Guam), que es la isla principal, y las restantes que, por estar al Norte, se conocieron como las Marianas del Norte.

Llegó a las islas Mindanao y Bizaya sólo la "Florida". Los otros dos barcos se habían perdido a la altura de las islas que años después conocimos como las Marianas. En Mindanao reparó una importante vía de agua que le había obligado a tirar parte de la mercancía y víveres que llevaba, para poderla mantener a flote. Aquí murió el único piloto que tenía. También encontraron en la isla a un superviviente de la "Parral", de Loaysa, y a otros dos en las islas de Candinga y Sarangani (de las Filipinas).

En marzo de 1528 llegó a las Molucas y encontró al grueso de la expedición de Loaysa, mandado ahora por Hernando (o Bernaldo) de la Torre. Preparó la nao para regresar a Nueva España dando detalles de la situación de aquellos españoles.

Así lo narra López de Gómara en el libro citado:

Son los hombres crecidos de cuerpo, cariluengos, morenos, muy bien barbados. Traen cabellos largos, usan cañas por lanzas, hacen esteras muy primas de palma, que de lejos parecen oro, cobijan sus vergüenzas con bragas de aquello, en lo demás desnudos andan; tienen navíos grandes. De aquellas islas de los Reyes fue a Mindanao y Bizaya, otras islas que están ocho grados, y que son ricas de oro, puercos, gallinas y pan de arroz. Las mujeres hermosas, ellos blancos. Andan todos en cabello largo. Tienen alfanjes de hierro, tiros de pólvora, flechas muy largas y cerbatanas, en que tiran con hierba, coseletes de algodón, corazas de escamas de peces. Son guerreros, confirman la paz con beber sangre del nuevo amigo, y aun sacrifican hombres a su dios Anito. Traen los reyes coronas en la cabeza, como acá; y el que entonces allí reinaba se decía Catonao; el cual mató a don Jorge Manrique y a su hermano don Diego y a otros.

De allí se huyó a la nave de Álvaro de Saavedra, Sebastián del Puerto, portugués, casado en la Coruña, que fuera con Loaisa. Sirvió de faraute, y dijo cómo su amo le llevó a Cebú, donde supo cómo llevaron allí ocho castellanos de Magallanes a vender a la China, y que aún había otros. En fin, contó todo aquél viaje. También rescató Saavedra otros dos españoles del mismo Loaisa, en otra isla que llaman Candia, por setenta castellanos en oro; en la cual hizo las paces con el señor, bebiendo y dando a beber sangre del brazo, que tal es costumbre de por allí, cual entre scitas. Pasó por Terrenate, donde los portugueses tenían una fortaleza, y llegó a Gilolo, do estaba Fernando de la Torre, natural de Burgos, por capitán de ciento y veinte españoles de Loaisa, y alcaide de un castillo.

El regreso

Zarpó el 14 de Julio de 1528 con objeto de hacer la ruta inversa a la de la ida, pero no consiguió cruzar el Pacífico en sentido O-E, como le había pasado a la "Trinidad" de Magallanes 7 años antes.

Llegó entonces a Nueva Guinea, recorrió su costa norte y la bautizó con el nombre de "Isla de Oro" y el 3 de Octubre de 1528 (casi un año después de su salida de Zihuatanejo) estaba en las islas Molucas (lo admirable de este viaje, que se asemeja con el Colón, está en atravesar un océano tan enorme y desconocido).

Hizo dos nuevos intentos por volver a la Nueva España (México) pero los fuertes vientos le traían de nuevo a las islas, y además con grandes desperfectos en el barco.

El 3 de Mayo de 1529 hizo el último intento de volver a Nueva España, pero sólo logró llegar a las islas del Almirantazgo, y el 19 de octubre de 1529 murió durante la navegación, sorprendido por una fuerte tempestad.

Al morir también su segundo, la nao quedó a cargo del maestre y el nuevo piloto. Aunque estaban a mitad de camino de Nueva España, decidieron regresar al Oeste, a las Molucas, y desde allí, con los supervivientes de Loaysa, regresaron a España por el ïndico y el cabo de Buena Esperanza. Pero previamente estuvieron en Portugal, donde se les requisaron todos los documentos, cartas y notas del viaje, que los portugueses aprovecharon. Después, les dejaron regresar a España.

A lo largo de este viaje y de los intentos de retorno, descubrió varias islas que, debido a las coordenadas en las que se movió, eran, sin duda, las islas Carolinas, las Marshall y (con bastante seguridad) las del Almirantazgo. También estuvo en Terrenate y Gilolo, islas del grupo de las Molucas (o de la Especiería). En todas sus recaladas intercambió agua y alimentos con los nativos en su persistente esfuerzo por descubrir nuevas tierras y lograr regresar a México.

Los hechos son narrados de esta manera en la Historia general de España y América:

Poco después (marzo de 1528) llega a las Molucas y encuentra a los hombres de Loaysa, mandados ahora por Hernando de la Torre. Éste prepara inmediatamente el apresto de la nao para que regrese a Nueva España, con noticias de la situación de este puñado de hombres. Para conseguir provisiones dan una serie de golpes audaces contra los pueblos aliados de los portugueses, quienes redoblan sus ataques contra los españoles. Los expedicionarios consiguen nuevas victorias, mientras se prepara la Florida, que zarpa el 14 de Julio de 1528, rumbo a Méjico, pero el segundo intento de cruzar el Pacífico de Oeste a Este fracasó, como había fracasado el primero, hecho por la Trinidad. Después de cinco meses de esfuerzos, la Florida está otra vez en el puerto de Tidor. Pero no se dan por vencidos; de nuevo emprenden los trabajos de reparación del casco, y se aprestan también mástiles, velamen y cordaje, a la vez que se preparan víveres para probar suerte otra vez. El 3 de Mayo de 1529 emprenden este viaje, que acaba en definitivo fracaso; a los tres meses y medio de la salida de Molucas, la Florida solo ha logrado alcanzar el archipiélago que después se llamará del Almirantazgo. La muerte de Saavedra y de su sucesor en el mando dejó la nao a cargo del maestre y el piloto. Estaban ya más cerca de América que de las Molucas cuando, desanimados, decidieron virar en redondo y volver a la Especiería.
Mal iban allí las cosas para los españoles, muy inferiores en número a los portugueses; al fin Hernando de la Torre se rinde en Tidor, pero no todos sus hombres estaban allí, y los ausentes no quisieron acatar la capitulación firmada, convirtiéndose en aventureros que actúan por cuenta propia: uno de estos fue Andrés de Urdaneta. Así siguieron las cosas hasta primeros de noviembre de 1530, en que llegaron a Ternate tres naos portuguesas, y con ellas la noticia de que el emperador había cedido a Portugal sus derechos sobre las Molucas en pacto de retroventa, a cambio de una indemnización de 300.000 ducados. Como el jefe de la expedición portuguesa, Gonzalo Pereira, no lleva ningún documento fehaciente que demuestre la cesión, Urdaneta desconfía, y aún conserva esperanzas de que no sea verdad. Todavía permanecerán algún tiempo en aquellas islas, al fin, en 1534, salió de ellas Hernando de la Torre con 16 hombres, y en 1535 lo dos últimos: Urdaneta y Macías del Poyo. Habían estado allá once años. Regresaron a España por la vía oriental, pasando por Lisboa, donde fueron registrados, y les quitaron sus papeles.