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Vino al mundo en la ciudad de Bilbao en 1755, siendo sus padres, don Juan Bautista de Gardoqui y doña María Josefa Jaraveitia.


Elevó petición de ingreso en la Corporación y recibió la Carta orden sentando plaza de guardiamarina en la Compañía del Departamento de Cádiz, el 12 de enero de 1775. Expediente. N.º 1.351


Tomó parte en las expediciones de Argel de 1775 a las órdenes del general don Pedro Castejón, participando muy activamente en el reembarco de las tropas del ejército, posteriormente a las órdenes del Marqués de Casa Tilly, participó en la expedición a tierras de Brasil, para recuperar los territorios que habían sido ocupados por los portugueses, asistiendo a la toma de la isla de Santa Catalina.


En 1779 embarcado en la escuadra del general don Luis de Córdova, en unión a la francesa del conde D'Orvillers, realizó la primera campaña del canal de la Mancha, en la que solo se pudo apresar al navío británico Ardent del porte de 74 cañones.
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Al mando del mismo general participó en el combate del cabo de Santa María el 16 de enero de 1780, contra la escuadra británica al mando del almirante Rodney, el 9 de agosto siguiente participó en el apresamiento del gran convoy sobre el mismo cabo, en el que fueron capturadas 53 velas mercantes británicas, el mayor apresamiento de su historia.


Por recomendación de su general, demostrado su valor y buenas maneras, por Real orden del 16 de septiembre de 1781 se le ascendió al grado de teniente de fragata


En 1782 embarcado en la escuadra del general don Luis de Córdova, asistió al combate de cabo Espartel contra el almirante británico Howe, reñido el 20 de octubre.


En 1784 como teniente de navío, formó parte de las expediciones que salieron de Cádiz, en 1785 y 1788, a las órdenes del capitán de navío Antonio de Córdova, con la fragata Santa María de la Cabeza y el paquebote Santa Casilda, para reconocer el estrecho de Magallanes, efectuando el levantamiento hidrográfico de gran parte de aquellas costas, personalmente con el bote del paquebote levantó una parte de la Tierra de Fuego.
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Fue S. M. informado de buen trabajo realizado, por ello firmó la Real orden del 1 de marzo de 1791 notificándole su ascenso al grado de capitán de fragata.


Poco después se le otorgó el mando de una fragata, con la que permaneció en aguas del Mediterráneo en comisión de corso, pasando posteriormente a Tierra Firme donde realizó cruceros y comisiones especiales, pasando más tarde a la Habana, donde continuo en la vigilancia de los dos canales de acceso a la isla, al cumplir sus tres años de permanencia en ultramar se le dio la orden de regresar a la península.


En 1796 por Real orden se le ascendió al grado de capitán de navío, por Real orden del mes de febrero de 1798 por expresa orden de su general don José de Mazarredo, nuevo general de la escuadra del Océano después del desafortunado combate del cabo de San Vicente del 14 de febrero de 1797, lo escogió para entregarle el mando del Mejicano de tres baterías y 118 cañones, quedando bloqueados en la bahía de Cádiz por la escuadra británica al mando del contralmirante Nelson.


Permaneció bloqueada hasta declararse un duro temporal obligando a los enemigos a buscar refugio navegando para correrlo, momento que aprovechó don José de Mazarredo para ordenar la salida en persecución de la bloqueadora, siendo el 5 de febrero de 1798, no pudo conseguirse darles alcance por ser más rápidos los buques británicos al llevar sus obras vivas forradas de cobre, regresando a la bahía ocho días después de su salida.
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Zarpando de nuevo el 13 de mayo de 1799, con rumbo a Cartagena, donde se unieron a la escuadra francesa del almirante Eustache Bruix, arrumbando a la bahía de Cádiz, de donde volvieron a zarpar en julio siguiente con rumbo al Arsenal de Brest, donde arribaron el 8 de agosto siguiente quedando internada la escuadra española.


En el mismo puerto recibió la orden de trasbordar al navío Reina Luisa de igual categoría que el anterior, hasta ser firmada la paz de Amiens el 27 de marzo de 1802 con el Reino Unido, zarpando la escuadra con rumbo a Ferrol, donde al llegar quedó desembarcado por pasar a desarme su buque.


En 1802 hubo una nueva promoción general en la Corporación, nadie sabe muy bien la razón, pero de don José Ramón Gardoqui nadie se acordó, cuando cumplía sobrados méritos para serle otorgado. A pesar de ello solo se quejó entre sus más allegados, continuando sin titubeos en el cumplimiento del deber que le es innato a un marino.


En 1803 fue nombrado Mayor General del Departamento de Cádiz, cargo en el que permaneció hasta producirse el ataque el 5 de octubre de 1804, en tiempo de paz por parte de los británicos a la división de fragatas al mando del general don José de Bustamante, acto de pura piratería que obligó al Gobierno a declarar la guerra al Reino Unido de la Gran Bretaña el 12 de diciembre de 1804, pues enterado de ello Gardoquí demandó se le diera un mando a flote, por Real orden se le otorgó el del navío Santa Ana, de tres baterías, insignia del teniente general don Ignacio María de Álava.
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Al regresar la escuadra al mando del general don Federico Gravina junto a la francesa al mando del vicealmirante Villeneuve, quedó incorporada la del Departamento de Cádiz, zarpando la combinada el 20 de octubre de 1805, para combatir con la británica al mando de almirante Nelson, en el innecesario combate del cabo de Trafalgar, al día siguiente.


Resultaron heridos en el combate tanto el general Álava como Gardoqui que aparte de comandante del buque era su capitán de banderas, siendo éste ascendido por su valor al grado de brigadier, en la promoción que tuvo lugar por Real orden del día 9 de noviembre siguiente, para todos aquellos que habían participado en el combate anterior como agradecimiento de S. M. a la demostración de valor de todos ellos.


Su buque quedó muy mal tratado, pero fue de los pocos que tuvo la suerte de pasar inmediatamente al Arsenal de La Carraca donde se le carenó totalmente, dejándolo listo para el combate.


Continuando en el mando del su buque pero sin salir de la bahía de Cádiz, al sobrevenir la invasión napoleónica que se convirtió en guerra abierta por el alzamiento nacional del 2 de mayo de 1808 se halló al frente de una de las baterías del propio Arsenal en el combate que tuvo lugar entre los días 9 a 14 de junio siguiente, dando el feliz resultado de obligar al almirante francés Rosilly a rendir su escuadra, estando formada por los restos de la participante en el combate de Trafalgar.
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En 1809 fue nombrado Mayor General de la escuadra del general don Ignacio María de Álava, permaneciendo al mando de su navío, cuando por Real orden de la Junta, fue nombrado Comandante del arsenal de la Habana, entregando el mando de su buque y embarcando de transporte en el navío San Lorenzo desembarcó en la capital de la isla de Cuba.


Inmediatamente se puso a trabajar, lo primero fue saber de verdad de lo disponible en el Apostadero, al revisar se dio cuenta que había anomalías con los documentos en la mano, a lo que puso fin con nuevas instrucciones, por último logró al menos poner en servicios algunos buques, permaneció hasta el mes de septiembre del año 1812


Por Real orden de la Regencia del 6 de marzo de 1813, se le nombró Capitán General, Jefe político y Comandante general de marina de las islas Filipinas, para llegar a su nuevo destino embarcó de transporte en una fragata particular, (muestra de los medios de la Armada en el momento) con el nombre de Fernando VII, arribando a finales del propio año a la bahía de Manila, donde desembarcó y tomó posesión de su cargo.
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Por Real orden del 14 de octubre de 1814 se le ascendió al grado de jefe de escuadra, con fecha del 2 de abril de 1816 se le concedió por cumplir los requisitos, la Gran Cruz de la Real y Militar Orden de San Hermenegildo, lo que representaba haber cumplido los cuarenta años de servicios sin tacha en su Hoja de servicios.


Le sobrevino el falleciendo de muerte natural en la ciudad de Manila en el desempeño de su alto cargo, el 9 de diciembre de 1816, cuando contaba con sesenta y un años de edad, de ellos cuarenta y casi once meses de inmejorables servicios a España.



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