El Segundo Consejo Naval de Santander de 1581-1583 decidió la construcción de 9 galeones a nuevas medidas.

Dos galeones de 550 toneles machos (o 700/750 toneladas de arqueo) de 56x36x16x11 codos.
Siete galeones de 420 toneles machos (o 530 toneladas de sueldo, o 642 toneladas de arqueo) de 52x34x15x9,5 codos.

Todos ellos fueron construidos en secreto por Cristóbal de Barros en Santander y Guarnizo: 3 de ellos en 1583 y los seis restantes en 1584.
Fueron nombrados:
San Cristobal 1583 Capitana 550 toneles machos, construido en 1583 en Santander
San Juan Bautista 1583 Almiranta 550 toneles, construido en el mismo tiempo y lugar
Nuestra Señora del Barrio 1583 de 420 toneles, construido (esto y los restantes) en Guarnizo
La Asunción 1584
San Felipe y Santiago 1584
San Juan el Menor 1584
San Medel y San Celedon 1584
San Pedro 1584
Santiago el Mayor 1584

Todos ellos participaron en la Felicísima Armada de 1588 en el Escuadra de Castilla, bajo las órdenes del segundo al mando, Diego Flóres de Valdés (que levantó su bandera en la Capitana San Cristóbal). Armadas con 24 cánones (excepto la Capitana con 36), estos galleones actuaron muy bien en batalla y en alta mar. Ninguno de ellos fue hundido o capturado por los ingleses, sino que naufragó en las tormentas a través de las Islas Británicas. Los 9 galeones llegaron salvados a Laredo o a Santander.

Tres de ellos no se mencionan después la campaña de la Armada de 1588: San Juan Bautista, Nuestra Señora del Barrio y San Juan el Menor.
Los otros seis se mencionan por último como parte de la campaña de 1591 de Azores contra los ingleses (donde el famoso Revenge resuelve su sino): están armados con 30 cánones cada uno.
Más información sobre la campaña 1591 y la composición de la flotas se publicó en este artículo
http://foro.todoavante.es/viewtopic.php?f=73&t=9400

¿Alguien sabe lo que le pasó a estos galeones después?

La Armada de la Guardia de la Carrera de las Indias, Capitan General Don Diego Flores de Valdes, estaba destinada a ser enviado a las Indias en 1588 y su composición fue:

Santiago el Mayor galeon de Su Majestad, maestre Pedro Govela, 400 toneladas
San Pedro galeon de S.M., maestre Andres de Valenzuela, 400 toneladas
Santa Ana galeon frances de S.M., maestre Miguel Hurtado, 600 toneladas
San Felipe y Santiago galeon de S.M., maestre Juan Antonio, 400 toneladas
San Medel y Celedon galeon de S.M., maestre Juan Agustin, 400 toneladas
Asenscion galeon de S.M., maestre Pedro Jorge, 900 toneladas
San Juan Bautista galeon, dueño Martin de Bayen, maestre Gaspar de los Reyes, 945 toneladas
Santa Catalina nao, dueño Hernando Ome, maestre Alonso de Quenca, 400 toneladas
Nuestra Señora del Soccorro nao, maestre Juan de Parres
San Antonio nao, maestre Pedro Martin
San Cristobal nao, dueño Rodrigo Rizo, maestre Juan de Arancivia
San Juan nao, maestre Juan Fernandez
Nuestra Señora del Barrio nao de S.M., maestre Lope de Archuleta, 400 toneladas
San Juan Bautista nao, dueño Hernando Ome, maestre Jorge de Najera, 800 toneladas
La Trinidad nao, maestre Jorge de Uribe, 872 toneladas
Santa Isabel y La Madalena, fragatas de 80 toneladas cada una
Santa Ana y Santiago, pataches de 60 toneladas cada una

Preparaciones para la Armada de la Guardia de la Carrera de las Indias comienzan en octubre 1587, continuará en febrero de 1588. En abril la armada está en San Lucar, pero no va a ir en las Indias, probablemente a causa de los preparativos contra Inglaterra. Eventualmente, esta armada se incorpora a la Armada Invencible, convirtiéndose en la Escuadra de Castilla, manteniéndose su comandante, Don Diego Flores de Valdés.

Podemos ver que muchos de los barcos eran parte de la Gran Armada de 1588, aunque no todos en la misma Escuadra de Castilla. También el tonelaje dado en Chaunu no es el mismo con los registrados para la Armada (por lo tanto los números son solamente orientativos). No sé si los maestros permanecieron iguales para la expedición de la Armada, que fueron diseñados para la Armada de la Guardia de la Carrera de las Indias. También, la capitanade Don Diego Flores de Valdes fue el San Cristobal y la almiranta de la escuadra fue el San Juan Bautista durante la expedición Armada.