La situación peruana continuó convulsionada en los primeros años de la década siguiente, hasta que Ramón Castilla asumió el gobierno en 1844. Al parecer, Cortés tomó partido por alguno de los contendientes de Castilla, lo que le valió no ser considerado en el escalafón militar aprobado en noviembre de 1847 . Al tomar conocimiento de este hecho, que consideraba arbitrario e ilegal, Cortés debió reclamar ante Castilla, pero al no obtener resultados positivos, en diciembre de 1849 determinó viajar a Lima para defender sus derechos. Pero el destino le tenía deparado otros planes, pues en la noche del 28 al 29 de diciembre de 1849, en momentos en que se preparaba para embarcarse con rumbo al Callao, falleció en Valparaíso víctima de una “apoplejía al cerebro” .
Considerado ciudadano peruano, la legación peruana en Santiago y el consulado respectivo en Valparaíso, intervinieron en los procedimientos legales vinculados a la testamentería de Eugenio Cortés, los cuales aparentemente quedaron resueltos a mediados de 1851 .

No debo concluir este artículo sin una breve semblanza de los descendientes de don Eugenio, distribuidos esencialmente en Perú y en Chile, patria de adopción y patria de origen, respectivamente. Es de suponer que los datos presentados en esta sección serán de utilidad para los genealogistas, complementando así la información brindada al tratar sobre los ancestros de nuestro biografiado.
Como ya se mencionó, Eugenio Cortés y Azúa contrajo matrimonio el 19 de setiembre de 1806 en la Parroquia de El Sagrario, en Lima, con Leandra Francisca María del Carmen del Alcázar y Arguedo. Nacida en Tarma el 24 de julio de 1787, la novia era hija del capitán Ignacio del Alcázar Carvajal, entonces administrador de las reales rentas unidas, y de María Isabel Arguedo y Moncayo .

Los esposos Cortés Alcázar tuvieron seis hijos, todos nacidos en Lima y bautizados en la Parroquia de Huérfanos. El mayor fue Felipe Eugenio, venido al mundo el 30 de abril de 1810 y bautizado dos días después teniendo como padrino a José Bernardo de Torre y Tagle, marqués de Torre Tagle, comisario de Guerra y Marina, y pariente de su padre . Vino luego Eugenio Juan e Ignacio, nacido el 20 de agosto de 1811 , quien al parecer falleció joven pues no vuelve a ser mencionado. Este fue seguido por Francisca de Paula Dominga Cortés del Alcázar, nacida el 12 de mayo de 1814 . El 7 de agosto de 1815 nació Pastora María del Carmen Jerónima Antonia , siendo seguida por María del Carmen Francisca Josefa de las Nieves, venida al mundo el 17 de setiembre de 1817 . La menor de sus hijas fue Manuela Ascención, nacida el 29 de mayo de 1821 .
Dos de ellos se asentaron en el Perú, Felipe Eugenio y Francisca de Paula, mientras que las tres menores partieron a Chile acompañando a su padre en 1836. De estas últimas, Pastora María debe haber contraído matrimonio antes de 1851 y posiblemente salido de Chile, pues sus restos no reposan en la cripta familiar que se encuentra en el Cementerio n° 1 de Valparaíso. María del Carmen falleció soltera en Valparaíso el 25 de julio de 1905 . Manuela Ascensión casó en 1840 con Agustín La Motte, con quien tuvo seis hijos (Hernando, Augusto, Carmela, Constanza, Eugenio y Julia), falleciendo en Valparaíso al dar a luz al menor de ellos, el 1° de agosto de 1862 .

Francisca de Paula contrajo matrimonio en 1831 con José de la Puente Querejazu, dando origen a una frondosa familia peruana .
El único hijo hombre que alcanzó la adultez, Felipe Eugenio, se formó al lado de su padre tanto en México como en Estados Unidos, pasando a Chile poco después que ambos regresaran al Perú en 1829. En la capital chilena vivió con su tía Ana Josefa de Azúa, marquesa de Cañada Hermosa, velando por los intereses de su padre. Por tal razón, en 1833 éste le otorgó un poder amplio y general, cediéndole asimismo tres capellanías legas, que recibían una pensión de 11,000 pesos anuales de las haciendas de Viña del Mar y Concón, y de la casa de los señores Gutiérrez . En febrero de 1835, cuando Eugenio Cortés y Azúa se preparaba para dejar Lima y pasar a Chile, le otorgó un poder especial para que pudiera obtener un préstamo de 3,000 pesos, poniendo como garantía sus propiedades y las de su tía Ana Josefa de Azúa, marquesa de Cañada Hermosa, las cuales pasarían a su nombre cuando ambos fallecieran .
Al igual que su padre, Felipe Eugenio se mantuvo interesado en los asuntos del Perú, llegando a incorporarse a las fuerzas que lucharon contra la Confederación Perú-Boliviana. Fue así que lo encontramos en Pativilca, al lado de Ramón Castilla, en setiembre de 1838, cuando éste era comandante general del ejército del norte . Entre 1844 y 1851 lo sabemos querellando en Lima, primero con Antonio Cavero y Cifuentes, y luego con su hermano José, por el derecho a un patronato de legos que Francisco Pizarro fundó en la capilla mayor de la Catedral. Felipe Eugenio Cortés argumentaba tener derecho a tal patronato por ser pariente de Pizarro a través de Hernando Cortés Pizarro, pariente a su vez de Hernán Cortés, el conquistador de México. Al parecer, logró ganar dicho juicio .

En julio de 1855, Felipe Eugenio Cortés fue electo diputado por Lima para la Convención Nacional que estuvo en funciones desde el 14 de julio de ese año hasta su disolución el 2 de noviembre de 1857 . En esa condición, en 1855 entró en litigio con Benito Laso, vocal de la Corte Suprema, quien lo acusó de calumniar al Poder Judicial . En 1858 viajó a Europa, habiéndole entregado algunos papeles familiares a Benjamín Vicuña Mackenna para que escribiera una biografía de su tío, el canónigo José Joaquín Cortés Madariaga. El notable historiador chileno cumplió con ese compromiso en 1881 , conservando dichos papeles familiares en su archivo, que hoy se encuentra en el Archivo Nacional, en Santiago de Chile.
Felipe Eugenio contrajo matrimonio con una dama trujillana apellidada Martínez de Pinillos, con la que tuvo al menos dos hijos (José Regís y Scipión) que se asentaron en Chile. Scipión falleció soltero, mientras que José Regís contrajo matrimonio con Isabel Brown, dejando una frondosa descendencia . En una reciente visita a Chile tuve ocasión de conocer a algunos de ellos, quienes gentilmente me facilitaron valiosa información y fotografías de su retrato, su espada, tiros y charreteras mexicanas y de una de sus charreteras peruanas. También tuvo una hija llamada Constanza Cortés Solís, quien contrajo matrimonio con José Domingo de Osma y Osma, dejando también una frondosa descendencia.
Por otro lado, Eugenio Cortés y Azúa entró en posesión de algunas propiedades en 1812, a la muerte de su padre y de su abuela, María Constanza Marín de Poveda y Azúa, marquesa de Cañada Hermosa . Tal como ella y su yerno Pedro Gálvez habían previsto, si bien el título recayó primero en su hijo José Tomás y luego en su hija Ana Josefa Azúa de Marín y Poveda, el mayorazgo le correspondió a su nieto Eugenio Cortés y Azúa, comprendiendo en él las ya mencionadas haciendas de Purutún, El Melón, Palo Colorado, Carretón y Los Nogales. Algo podemos decir de esas propiedades.

El Melón y Purutún fueron arrendadas en 1844 a Pedro Felipe Vicuña, quien diez años más tarde, tras la muerte de nuestro personaje, transfirió el usufructo de las propiedades a Agustín Hemingway, motivando que Felipe Eugenio Cortés impugnara tal transacción e iniciara un litigio con este último . Algo similar ocurrió con la hacienda Palo Colorado, que había pasado a manos de Javiera Mascallano antes que el almirante Cortés muriese. Provisto de argumentos legales para reclamar la propiedad, Felipe Eugenio también entabló juicio por ella . Purutún, que había sido arrendada en parte a Manuela Cortés Alcázar, pasó igualmente a manos de Felipe Eugenio Cortés luego de un juicio que éste le entabló a su cuñado Agustin La Motte. Dicha hacienda fue administrada por Dionisio Eugenio Nordenflynch Cortés, primo de Felipe Eugenio y de Manuela, quien había arribado de Lima en compañía del almirante Cortés .

Vida intensa y azarosa la que tocó vivir a Eugenio Cortés y Azúa. Fue testigo, y en algunas ocasiones actor, de profundos cambios en América y en otras parte del mundo, en la fase final de una España imperial en decadencia y del surgimiento de las nuevas realidades políticas americanas. Su caso no fue el único. Otros hispanoamericanos, al igual que españoles peninsulares, debieron optar por mantenerse fieles al rey de España o por contribuir a la construcción de nuevas realidades políticas en aquellos lugares que consideraban su patria.
Como se ha visto al analizar el caso de nuestro personaje, tomar este tipo de decisiones no fue fácil, haciéndolo más complejo el formar parte de la elite social colonial.
El entramado familiar de los Cortés es extenso y complejo, y si bien mantuvo sus dos puntos focales en el Perú y en Chile, lo encontramos por lo menos en España, Colombia y Argentina. Esas vinculaciones familiares nos permiten comprender mejor la forma como se movió un segmento de la sociedad hispanoamericana. Tíos, primos y parientes en diverso grado, apoyaron de una u otra manera su formación, su carrera y sus actividades comerciales. Algunos de ellos lo consideraron advenedizo e ingenuo, y ciertamente actuó de este último modo en varias oportunidades, generando acusaciones sobre su fidelismo o sobre su conducta como comerciante. Pero a pesar de ello, tuvo una exitosa vida pública, que lo hizo transitar de oficial naval español a jefe de la armada mexicana; y de representante de ese país en Estados Unidos a contralmirante peruano.

Si bien Eugenio Cortés nació en Chile, fue conocido como peruano en México, y como tal fue tratado y considerado en el Perú. En Lima nacieron sus seis hijos, algunos de los cuales se afincaron en esta ciudad y otros lo hicieron en Santiago o en Quillota, dando origen a una frondosa descendencia en ambos países, reforzando los dos núcleos familiares a los que hemos hecho referencia.
No hay duda que habrá quien desee destacar su condición de chileno. Otros podrán enfatizar su ascendencia y descendencia peruana. Otros más señalarán su profunda vinculación con México. Debatir en torno a esto nos coloca, en cierta medida, en la misma disyuntiva que le tocó vivir a Cortés. Creo que hizo lo acertado: escogió Hispanoamérica como su patria.