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Vino al mundo en la población de Medina de Rioseco, en el año de 1741, fueron sus padres don Juan Núñez del Nero, Intendente de Cuenca, y de su esposa, doña María de las Nieves Gaona Portocarrero.


Sus padres lo enviaron a la isla de Malta a realizar sus estudios, participando después en los buques de la Orden de San Juan corriendo caravanas, siendo cruzado caballero en la misma Orden en el año de 1757.
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El día 8 de junio del año de 1758, sentó plaza de guardiamarina en la Compañía del Departamento de Cádiz. Expediente N.º 794. En su registro consta como Manuel Núñez de Gaona del Nero y Portocarrero.


Al aprobar los estudios preliminares, se le ordenó embarcar en el navío Princesa, para ir adquiriendo la instrucción de la navegación y su problemática, el buque pertenecía a la división del conde de Vega Florida, con la acostumbrada misión de cruzar entre los cabos de Santa María y San Vicente, en protección de la recalada del tráfico marítimo proveniente de América.


Esta división recibió la orden de incorporarse a la escuadra del marqués de la Victoria, con la que realizó el viaje con rumbo a Nápoles, para trasportar a la Real familia del nuevo rey de España, don Carlos III, que tuvo efecto en el año de 1759, después de desembarcar a la Corte en la ciudad de Barcelona, regresó a la bahía de Cádiz, donde se dio orden de desembarco por pasar a desarme el buque.


Estando en este Departamento, se le ordenó embarcar sucesivamente en los navíos Tigre y Héctor, con los que contribuyó a realizar el corso contra las regencias del norte de África, sin por ello dejar de prestar protección al tráfico marítimo, entre el Estrecho y los puertos de Galicia y costa del Cantábrico, cuando los británicos estaban realizando el bloqueo de estas.
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En su misión de proteger y atacar el corso, estuvo presente en la acción que se llevó a cabo, en aguas de la costa de Alicante, se apresó a una goleta berberisca que estaba realizando su típica rapiña en esta zona, que a su vez habían sido apresada a los portugueses, con la consiguiente alegría de los que ya se daban por cautivos, verse liberados, capturando a sesenta y cuatro moros, y turcos.


Se le destinó al Departamento de Ferrol, arribando a él en el navío Diligente, estando allí recibió la noticia de ser ya oficial de la Real Armada, con fecha del día 29 de junio del año de 1761, con su primer grado de alférez de fragata.


Permaneció en la escuadra del conde de Vega Florida, que estaba destinada a la guarda de las costas del Cantábrico por estar declarada la guerra con el Reino Unido, con los que mantuvieron algunos combates pequeños.


Por Real orden del día 17 de septiembre del año de 1767, se le ascendió al grado de alférez de navío, continuando con sus navegaciones y misiones, hasta que por otra Real orden del día 13 de enero del año de 1771, se le ascendió al grado de teniente de navío, siendo destinado a la ciudad de Cuenca al mando de los batallones de Marina, con parte de sus tropas condujo una cuerda de trescientos individuos, que por vagos habían sido encerrados en la ciudad de Albacete, para ser conducidos a la de Cartagena, al llegar se le ordenó embarcar en la fragata Santa Teresa, con la que regresó a Ferrol, donde embarcaron tres compañías del regimientos de Flandes, para ser desembarcadas en la bahía de Cádiz.
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Al siguiente año de 1772, se le otorgó su primer mando, que fue la galeota San Carlos, con la que volvió a realizar el corso contra las regencias norteafricanas, en uno de esos encuentros apresó a una goleta de la regencia de Argel, en la que realizó cincuenta y ocho prisioneros, que trasportó y desembarcó en la bahía de Cádiz.


De inmediato se hizo a la mar a proseguir con su misión; se avistó a una escampavía argelina, ésta cargó de velas refugiándose acoderada a la fortaleza de Argel, pero a Nuñez no le importó demasiado a pesar del fuego de artillería que recibía, logró abarloarse y tomarla al abordaje, lanzando cabos de remolque para sacarla de allí, pero al inspeccionar el casco se dieron cuenta que era imposible, pues ya hacía más agua de la que se podía desalojar, decidiéndose por pegarle fuego.


Estas acciones de las que se produjeron varias en casos y situaciones muy parecidas, siempre se llevaban a cabo para demostrar a los enemigos más contumaces que quizás ha tenido España, que de nada les valía ponerse a resguardo de las fortalezas. Todo porque como sabemos, la artillería montada en alto en las fortalezas tenía un gran alcance, pero dada su poca depresión, en cuanto se cruzaba una determinada distancia ya era imposible recibir el fuego de ellas, lo que facilitaba este tipo de acciones que parecen de locos, pero locos con cabeza. El primero, si la memoria no falla fue don Blas de Lezo en demostrar que no era tan complicado, luego solo se continuó su ejemplo.
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Por Real orden del día 28 de abril del año de 1774, se le notificó su ascenso al grado de teniente de navío, como agradecimiento del Rey a propuesta de sus superiores por su arrojo y valor demostrados, siéndole a los pocos días otorgado el mando de la urca San José, la cual cargada con azogues navegó en un tornaviaje a Veracruz, regresando a la bahía de Cádiz.


A su regreso, se le otorgó el mando del jabeque Garzota, con el que realizó navegaciones tanto por el Mediterráneo, como por el océano Atlántico, siempre en misión de protección del tráfico marítimo.


Por Real orden del día 13 de mayo del año de 1779, se le ascendió al grado de capitán de fragata, otorgándosele el mando de la Santa Mónica, que pertenecía a la escuadra del general don Luis de Córdova.


Al romperse las hostilidades entre el Reino Unido y España, su fragata fue asignada a la división del general don Antonio de Ulloa, se hicieron a la mar con rumbo a las islas Terceras (Azores), pero por causa de un fuerte temporal quedó separado de la escuadra, por esta razón fue avistada por la fragata británica Perla, del porte de 32 cañones, mientras que la española era de 26.
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Al darle alcance la británica a la española se entabló un duro y férreo combate, que por espacio de dos horas y media se mantuvo, pero en ese tiempo la Santa Mónica, había sufrido la pérdida de treinta y cinco muertos más cincuenta y ocho heridos, quedando desarbolada y por ello sin posibilidad de maniobrar, al tener ya más de la mitad de la tripulación fuera de combate y el buque inútil, no tuvo más opción que rendirse, por su parte la británica, según sus datos, tuvo veintidós muertos y quince heridos.


Fue conducido a Plymouth, desde donde regreso a Cádiz, al ser canjeado.


Como era costumbre, pasó por el pertinente Consejo de Guerra, para aclarar las circunstancias de su rendición, viendo el tribunal las condiciones en que se realizó, se declaró a su favor con todos los pronunciamientos y sin menos cabo de su reputación.


El día 22 de mayo del año de 1782, recibió la orden de incorporarse a su nuevo destino, que fue como Segundo comandante del navío Santísima Trinidad, que a su vez era el buque insignia de la escuadra del general don Luis de Córdova.
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Esta escuadra recibió la orden de efectuar la protección del bloqueo del peñón de Gibraltar, por ello estuvo presente en el combate de cabo Espartel, entre esta escuadra española y la británica del almirante Howe, no pudiendo evitar que éste lograra llegar a Gibraltar y prestar los auxilios, que tan necesarios eran para la resistencia del Peñón.


Por sus méritos, se le entregó al Real orden del día 21 de diciembre del mismo año de 1782, notificándole su ascenso al grado de capitán de navío, siendo a los pocos días nombrado comandante del navío Santa Isabel, que pertenecía a la misma escuadra del general don Luis de Córdova y con él, prosiguió con el bloqueo del peñón y sus consiguientes bombardeos, hasta que se firmó la paz entre las dos naciones.


En el año de 1784, se le nombró Mayor General del Departamento de Cádiz, pero estuvo poco tiempo, pues fue necesaria su presencia en la acción, por ello se le nombró jefe del Apostadero y fuerzas navales de Algeciras; con las fuerzas de su mando permaneció en alerta constante, para la protección de nuestras plazas en el norte de África.


Llevando a cabo múltiples ataques, contra las baterías de Argel, no dejando de hostigar a los berberiscos en sus propias bases, ya que se mantuvo en constante movimiento, bombardeando los varios castillos, fortalezas y puntos en poder de ellos, a lo largo de toda la costa norteafricana.
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Por Real orden del día 26 de mayo del año de 1787, se le otorgó el ascenso a brigadier, siendo elegido y nombrado inmediatamente, Mayor General de la Armada, cargo que desempeñó con tan gran acierto, que a pesar de ser nuevamente ascendido a jefe de escuadra, por Real orden del día 8 de enero del año de 1793, prosiguió desempeñando con su acostumbrado gran acierto, lo que era en sí, un reconocimiento de su gran capacidad para tan alta responsabilidad, siéndole añadido el ser nombrado Asesor del Director General.


Por Real orden del día 5 de octubre del año de 1802, fue ascendido de nuevo al grado de teniente general, entonces sí que no tuvo más remedio que abandonar el cargo de Mayor General de la Armada, pero aún lo mantuvo hasta el día 11 de junio del año de 1803. Por lo que permaneció en tan alto cargo unos pocos días más de 15 años, un caso verdaderamente insólito.


En el año de 1809, la Junta le nombró Capitán General del Departamento de Cartagena, permaneciendo en este puesto, hasta el año de 1812, en el que por una grave enfermedad renunció a él, siéndole admita por las Cortes su demanda, dado su mal estado de salud.


Falleciendo en la ciudad departamental de Cartagena el día 14 de agosto del año de 1813, donde permanecía desde su renuncia, contaba con setenta y dos años de edad, de ellos cincuenta y cinco de excelentes servicios a España.



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