Pocos días después, Cortés y Cerdán se encontraban de regreso en Buenos Aires, informando al virrey Liniers del cumplimiento de su comisión. Satisfecho por ello, el 9 de noviembre de 1808 Liniers les extendió a ambos sendos pasaportes para pasar a Chile y al Perú a reunirse con el “jefe de su primitiva comisión el señor brigadier don José Manuel de Goyeneche”, quien se había dirigido a Lima .
La entrevista de Cortés con la Princesa fue prontamente conocida en Buenos Aires, contribuyendo a incrementar los recelos de los peninsulares hacia Liniers. Poco después se producirían algunas asonadas en su contra y finalmente, en julio de 1809, se le reemplazó por el jefe de escuadra Baltasar Hidalgo de Cisneros. A pesar de esto, Liniers se mantuvo leal a España, siendo fusilado por los patriotas de Buenos Aires en agosto de 1810.
Al parecer Cortés salió de Buenos Aires hacia el Pacífico el 30 de noviembre de 1808 , recibiendo antes una nueva comisión de la Junta Central, la de pasar a Chile junto con José Santiago de Luco y Herrera, para recibir los auxilios económicos que dicha capitanía general debía enviar a la metrópoli. No hemos encontrado la fecha en que ambos comisionados llegaron a Valparaíso, pero los sabemos en Santiago a fines de marzo de 1809, cuando recibieron 38 cajones de plata sellada y tres de doblones, así como diez barras de plata, por un valor total cercano a 1’300,000 pesos, provenientes tanto de la Real Hacienda como de una colecta pública convocada por Francisco Antonio García Carrasco, gobernador de Chile . Este último se había visto envuelto en una serie de escándalos desde que asumiera el mando de esa capitanía general, en abril de 1808, y la presencia de Cortés en Santiago contribuyó a ganarle un generalizado repudio, pues consideraban que éste era un emisario de la princesa Carlota Joaquina y que García Carrasco simpatizaba con la idea de reconocerla como legítima soberana. Esto, y el posterior arresto de algunos connotados criollos chilenos, lo llevaría a ser depuesto del cargo en julio de 1810 .

Pero retornemos a lo que sucedía con nuestro personaje en Chile. Naturalmente, Cortés debió aprovechó su visita a Santiago para arreglar también algunos asuntos familiares, y es muy probable que haya visitado a su padre en Quillota antes de emprender viaje al Callao, a donde debía dirigirse para que los fondos recaudados en Chile fuesen trasportados a la Península a bordo de una nave de guerra. De esa manera, atendiendo a las instrucciones de Goyeneche, Cortés se dirigió al Callao a bordo de la fragata mercante Águila o San Andrés, de propiedad de Francisco de la Fragua, zarpando de Valparaíso el 20 de abril de 1809 . El ingreso de dicha nave al Callao se produjo el 12 de mayo, entregando a la Real Hacienda los fondos que transportaba .
El virrey Abascal, a quien ciertamente no le agradaba el contacto que Cortés había tenido con la princesa Carlota Joaquina, dispuso que “se trasporte a España por no haber venido destinado a este Apostadero” , debiendo permanecer mientras tanto en calidad de depositado. A fines de setiembre de 1809 tomó el mando del apostadero el jefe de escuadra Joaquín de Molina, quien destinó a Cortés a servir en el Arsenal . Dos meses después, nuestro personaje fue nombrado segundo comandante de la urca Astrea, que al mando del teniente de navío graduado Joaquín Toledo zarpó con los situados para Juan Fernández y Valdivia. Tras cumplir con su comisión, y luego de rectificar algunos puntos de aquella costa, la Astrea se dirigió a Valparaíso, donde un par de días después de su arribo ingresó en busca de auxilio, pues había perdido sus anclas y cables, la fragata británica City of Edinburgh, al mando de Simon Patison, procedente de Sydney . Dado que la presencia de naves extranjeras en aguas coloniales no era permitida por las leyes españolas, pese a la alianza existente, el gobernador de Chile dispuso que la fragata británica pasara al Callao para que el virrey peruano determinara su suerte. Recordando quizá los meses que había vivido en Gran Bretaña como prisionero pero en contacto con influyentes personajes, Cortés entabló amistad con el médico escocés Alexander Berry, propietario de la nave, a quien ofreció presentarle a su amigo Joaquín María de Ferrer, exitoso comerciante bilbaíno asentado en Lima .

El 18 de julio de 1810 la Astrea y la City of Edinburgh arribaron al Callao , donde Cortés se enteró que el 10 de abril había nacido su primogénito, Felipe Eugenio Cortés Alcázar, sobre quien trataremos más adelante. Apenas llegado al Callao, nuestro personaje se puso en contacto con Ferrer, quien al día siguiente de su arribo se entrevistó con Berry, convirtiéndose en su agente y protector durante los largos meses que la City of Edinburgh habría de permanecer en ese puerto sometida a juicio por quebrar el monopolio comercial español sobre sus colonias americanas . Gracias a los buenos oficios de Ferrer, Berry pudo obtener el apoyo financiero de un comerciante local, quien en sucesivos desembolsos, entre octubre de 1810 y abril siguiente, llegó a entregarle 1,062 pesos para las reparaciones y mantenimiento de la nave y sus tripulantes .
Para entonces, la situación de los españoles se había complicado en varias partes de América, entre ellas Venezuela y Chile. En abril de 1810, el Cabildo de Caracas había obtenido la renuncia del gobernador Vicente de Emparán, estableciendo una junta de gobierno que expulsó a las autoridades españolas. En ese movimiento había tenido una importante participación el canónigo José Cortés Madariaga, tío de nuestro biografiado . En julio, como ya se mencionó, la Audiencia de Santiago había depuesto a García Carrasco, designando en su reemplazo al octogenario Mateo del Toro Zambrano, marqués de la Conquista, quien en setiembre de 1810 renunció a dicha función para asumir la presidencia de una junta de gobierno formada por criollos que debía llevar a cabo diversas reformas en la capitanía general, reconociendo la soberanía de Fernando VII.

Ambos acontecimientos hicieron que Cortés fuese visto con creciente recelo por las autoridades peruanas, contribuyendo a ello la creciente locuacidad de nuestro personaje en torno a la legitimidad de los criollos a obtener gobierno propio. Fue por ello que el virrey José de Abascal lo llegó a calificar de :
“demasiado libre en el hablar, poco veraz en sus conversaciones, y en dictamen de algunos adicto a las ideas de los revolucionarios de América, por lo que nunca estará de más el que se observe cuidadosamente su conducta, pues concurre también la circunstancia de ser pariente del canónigo Cortés, que ha fomentado la revolución de Caracas, y dicen serlo también de otro sujeto del mismo apellido, autor de los insidiosos papeles, que con el título del Colombiano y el Español se publicaron en Londres; estando asimismo relacionado con varios de los que componen la Junta revolucionaria del reino de Chile de donde es natural.”
No he llegado a identificar al personaje que publicó los dos títulos mencionados, pero ciertamente, dadas las vinculaciones familiares de nuestro personaje en Chile, tenía razón Abascal al señalar que era pariente de algunos de los miembros de la junta de gobierno establecida en Santiago. Por todo ello, a ojos de sus superiores, Cortés era sospechoso y en consecuencia lo más adecuado era mantenerlo en Lima bajo vigilancia. Sin embargo, como Abascal indicaría años más tarde, atendiendo a las importantes vinculaciones sociales que este oficial naval tenía en la capital peruana y “por no fomentar el disgusto de algunos descontentos del país, no se le hizo entonces sumaria o averiguación de oficio a su conducta” .

Por ello, y dado que la Astrea había sido desarmada por encontrarse en mal estado tras largos años de servicio, a fines de julio de 1810 nuestro biografiado fue destinado al Cuerpo de Artillería, mandado por el brigadier Joaquín de Pezuela. Este último también dudaba de la lealtad del nuevo oficial, por lo que “lo destinó con pretexto a la escuela práctica” , donde permaneció hasta mediados de abril de 1811, cuando recibió órdenes de pasar a España a la brevedad. En cumplimiento a esas órdenes, el 18 de ese mes solicitó al capitán de navío José Pascual de Vivero, comandante del apostadero, autorización para embarcarse en la ya mencionada fragata británica City of Edinburgh .
Presto a partir, el 24 de ese mes Cortés escribió a José Bernardo de Tagle y Portocarrero, marqués de Torre Tagle, padrino de bautizo de su hijo Felipe Eugenio, a quien se refiere además como “primo y favorecedor”, encomendándole el cuidado de su esposa e hijo, “que quedan a tu cuidado durante mi ausencia que espero no pase de un año”. Con tal motivo, Cortés le extendió un poder para que obre en su familia como si fuese padre de ella, asignando cien pesos mensuales para su mujer y treinta y cinco más para el pago de la casa que habitaba. Asimismo, en caso de que falleciera antes de retornar a Lima, lo facultaba a disponer de su herencia paterna para saldar deudas que le tenía y seguir atendiendo a su familia .

La City of Edinburgh zarpó del Callao a finales de abril de 1811, habiendo obtenido permiso para pasar a Guayaquil para cargar cacao. A bordo iban, además de Cortés, el teniente de navío graduado Joaquín Toledo y el alférez de navío Manuel Esquivel . La estada en Guayaquil fue prolongada, pues sólo zarparon de ese puerto hacia la isla de Puná el 22 de agosto, y desde allí hacia Cádiz el 9 del siguiente mes. Durante su estancia en el puerto ecuatoriano, Cortés entró en contacto con el obispo de Cuenca, quien le extendió una carta de recomendación para el nuncio apostólico ante la corte portuguesa, en Río de Janeiro . Sea por un exceso de precaución, o porque se había puesto de acuerdo con Berry para ingresar a dicho puerto brasileño, como en efecto sucedió, la referida carta habría de ayudar a Cortés en sus planes para retornar a Lima, al lado de su familia, que el 20 de agosto se había incrementado al nacer su segundo hijo, Eugenio Juan e Ignacio Cortés Alcázar.
Lo cierto es que la City of Edinburgh arribó a Río de Janeiro a fines de diciembre, aduciendo tener necesidad de efectuar reparaciones tras la difícil travesía por el Cabo. Para entonces la salud de Cortés se había deteriorado, pese a los cuidados brindados por Berry, sufriendo terribles dolores por retención de orina. Provisto de una carta de Berry, en la que señalaba su delicado estado de salud, el 12 de enero de 1812 nuestro personaje escribió al Marqués de Casa Irujo, ministro español en la corte portuguesa, indicándole que estaba imposibilitado de continuar viaje por razones médicas, solicitándole pasaporte para viajar a Montevideo. Para dar mayor solidez a su pedido, dos días después se hizo reconocer por John Jones, médico británico afincado en Río de Janeiro, quien dictaminó que no era conveniente que emprendiera viajes largos en esa condición. Con la opinión de ambos galenos, solicitó licencia indefinida de la Armada, y a fines de enero se dirigió a Montevideo .

A mediados de marzo de 1812, Cortés se presentó ante Miguel de la Sierra, comandante del Apostadero de Montevideo , quien dispuso fuese reconocido por Ignacio Domingo, José Rodríguez e Isidoro Álvarez, médicos del apostadero. Estos lo encontraron con “retención de orina y grandes callosidades en la uretra... hijos de un vicio herpético que dicho señor ha sufrido en diferentes ocasiones” . Con ese dictamen en mano, el 24 de marzo Cortés volvió a pedir “licencia absoluta sin sujeción a parte alguna, para poder restituirse al centro de su familia, a ser el amparo y apoyo de una esposa y dos tiernos hijos, bajo cuyo amparo pueda igualmente, atender al restablecimiento y conservación de su salud” .
Mientras se recibía respuesta de España a su pedido de licencia, Cortés fue depositado en la fragata Flora, siendo destinado a la corbeta Mercurio, mandada por el capitán de fragata José Primo Rivera . La espera no demoró mucho, pues el 19 de junio la Regencia dispuso que nuestro biografiado “se embarque inmediatamente en la primera ocasión que se presente para Europa y a las órdenes del capitán general de este Departamento [Cádiz] sin admitirle la menor excusa” .
Según Vicuña Mackenna, en los meses que nuestro personaje estuvo en Montevideo, ayudó al joven alférez de fragata Manuel Blanco Encalada, destinado a ese apostadero y con órdenes de pasar a España, a escapar de ese destino para unirse a las fuerzas de Buenos Aires .

Si bien no hemos podido comprobar este hecho, sí sabemos que Cortés fue embarcado el 22 de setiembre de aquel año, en condición de prisionero, a bordo del paquebote Santa Casilda, que al mando de Nicolás de Meñaca zarpó el 8 de octubre y arribó a Cádiz el 15 de diciembre . En un informe reservado, fechado 14 de enero de 1813, Meñaca indicó que durante la travesía Cortés no había manifestado nada que pudiese poner en duda su patriotismo o que sugiriera “que apruebe la conducta de los insurgentes de América, y sí su ninguna adhesión, particularmente a los de Buenos Aires” , quienes probablemente lo siguieran considerando un emisario de Carlota Joaquina, pues a su entrevista con ella en 1808 se sumaba su reciente visita a Río de Janeiro. No hemos encontrado evidencia alguna que permita avalar tales sospechas, pero ciertamente la situación de Cortés resultaba complicada, pues mientras los criollos lo consideraban carlotino, los peninsulares veían con suspicacia sus vinculaciones familiares con algunos de los involucrados en el surgimiento de juntas en Santiago y en Caracas.
Lo cierto es que, tres días después de llegar a Cádiz, se dispuso que Cortés pasara al navío San Pablo, “previniendo a su comandante le observase, tanto en las conversaciones que tuviese, como en las amistades que le rodeasen”. Sin haberse podido embarcar porque dicho navío se encontraba en cuarentena, el 29 de diciembre Cortés volvió a solicitar licencia indefinida por hallarse “imposibilitado de poder seguir en el servicio activo de la Marina por los achaques que ha contraído en las largas, penosas, navegaciones que ha practicado”, y por tener que atender a su esposa y a sus dos hijos. En caso de no que se le pudiese brindar tal licencia, pedía se le confiera un destino pasivo en el Apostadero del Callao, cosa que logró el 20 de enero de 1813 . Resulta curioso este cambio de actitud en la administración española, pudiendo explicarse solamente por la confusión de la época o por la intervención de algún influyente pariente.

Con el nombramiento en la mano, Cortés buscó alguna nave que pudiera trasladarlo de regreso al Perú, pero al no encontrar ninguna, solicitó y obtuvo la autorización del caso para ser embarcado en la goleta correo Galgo, que zarpó el 16 de marzo hacia Portobelo. Luego de atravesar el istmo, el 10 de junio logró embarcarse en Panamá, arribando al Callao el 14 del mes siguiente. De inmediato se presentó ante el capitán de navío José Pascual de Vivero, comandante del Apostadero del Callao, quien lo destinó como ayudante de la Capitanía de Puerto . A fines de julio, Vivero informó a sus superiores que la conducta de Cortés había sido “más reservada, moderada y distinta del mal concepto público que tuvo allí, en Guayaquil y Montevideo”; pese a ello, y en cumplimiento a las instrucciones reservadas que había recibido, lo mantendría vigilado, especialmente si llegaban buques de guerra ingleses , pues se temía que éstos pudiesen traerle noticias de los patriotas de Chile.
A pesar de estas sospechas, la actitud de Cortés durante el resto de 1813 y a lo largo del siguiente año fue plenamente satisfactoria para las autoridades coloniales, conforme informa Vivero en enero de 1815, al indicar que continúa “moderado y ocupado al cuidado de su casa” , que se había incrementado en agosto de 1814 al nacer Francisca de Paula Cortés Alcázar. Es posible que en su actitud haya influido la suerte de algunos parientes que permanecieron en Chile durante el periodo de la Patria Vieja y “padecieron el odio de los revolucionarios Carreras”. Lo cierto es que en noviembre de 1814, luego de la derrota de los patriotas chilenos en Rancagua y del restablecimiento del gobierno español en Chile, Cortés le manifestó a Vivero su interés en ser nombrado capitán de puerto de Valparaíso . Si bien no insistió en dicho nombramiento, en el primer semestre de 1815 solicitó plaza de oficial real en Chile, alegando ser natural de ese reino y “que su patrimonio se halla destruido por los insurgentes después de la muerte de su padre, que ha sido víctima de su fidelidad a V.M.” . Este último, en efecto, había fallecido en 1812, al igual que su abuela, la Marquesa de Cañada Hermosa, lo que había convertido a Cortés en dueño de algunas propiedades rurales y urbanas en Chile, y acrecentado las posibilidades de asumir el mayorazgo de Cañada Hermosa, pues su tío Tomás de Azúa Iturgoyen, el nuevo marqués, no tenía descendientes.

La insistencia de Cortés en partir a tierras chilenas no obtuvo resultados positivos, permaneciendo en sus funciones hasta enero de 1816, cuando figura al mando de una de las seis cañoneras que defendieron el Callao contra las fuerzas de Buenos Aires mandadas por el coronel Guillermo Brown. Desde el 10 de ese mes la fragata Hércules, bajo el mando de Brown, el bergantín Trinidad, a órdenes de su hermano Miguel, y la corbeta Halcón, con Hipólito Bouchard como comandante, habían estado merodeando en las cercanías del puerto, apresando varias naves que se dirigían o salían de la bahía, entre ellos la goleta Montañesa, que iba a Chiloé, los bergantines San Pablo y Carmen, y la fragata San Francisco de Paula, alias Gobernadora, que venía de Guayaquil. La noche del 20 de enero intentaron un golpe de mano con sus embarcaciones menores y la noche siguiente las tres naves rioplatenses atacaron el puerto logrando hundir a la fragata Fuente Hermosa . La noche del 27 de enero volvieron a intentar un golpe de mano con cinco lanchas y uno de los buques, siendo rechazados por las cañoneras que resguardaban la bahía, “llevando por castigo de su temeraria empresa 9 hombres muertos, considerable número de heridos, y otras averías en el buque que no ha sido posible indagar” . Sin posibilidades de hacer nuevas incursiones en la defendida bahía chalaca, el 29 de enero las naves patriotas pusieron proa hacia Guayaquil, no sin antes capturar las fragatas Candelaria y Consecuencia .
La incursión de Brown dejó en claro que el mar también se había convertido en escenario de lucha contra los patriotas y que era necesario tomar medidas urgentes para conservar su control. La Real Armada no estaba en condiciones de responder al reto, pues si bien Fernando VII había sido restaurado en el trono en 1814, la precaria situación fiscal española había colocado a sus fuerzas navales en un terrible estado de postración. Ante esta situación, el Tribunal del Consulado de Lima armó algunos buques que a principio de febrero zarparon en una infructuosa persecución de Brown. Poco después salieron del Callao seis fragatas mercantes con destino a Panamá. Se trataba de la Carlota y la Cinco Hermanos, que habían arribado poco antes de Cádiz, y de las peruanas Piedad, Bárbara, Carmen y Nuestra Señora del Tránsito, alias Montezuma. Estas naves habían sido fletadas por el virrey Abascal para que transportaran a Arica al Regimiento de Infantería Ligera de Gerona, que procedente de España debía reforzar al ejército que operaba en el Alto Perú contra las tropas de Buenos Aires. Fuerte en 660 plazas, el citado regimiento arribó a Portobelo y cruzó a Panamá, donde debía ser recogido por las fragatas mencionadas .

Posiblemente movido por las crecientes necesidades económicas requeridas para sostener a una familia que había vuelto a crecer en agosto de 1815, al nacer Pastora María del Carmen Jerónima Cortés Alcázar, el 5 de abril de 1816 Cortés recibió licencia para mandar una de estas fragatas, la Nuestra Señora del Tránsito, en la que zarpó el 1° de mayo en conserva con la Carlota. Cinco días después salieron la Cinco Hermanos y la Bárbara, y en días posteriores lo hicieron la Piedad y la Carmen . Las dos primeras naves arribaron a Panamá a fines de mayo, zarpando hacia Arica a mediados de junio con parte del referido regimiento . La travesía hasta dicho puerto no presentó mayores dificultades, de modo que, luego de desembarcar las tropas en dicho puerto, la Carlota y la Nuestra Señora del Tránsito se dirigieron al Callao, a donde arribaron el 24 de setiembre .
Cinco días más tarde, nuestro personaje se reincorporó al servicio naval y fue ascendido a teniente de navío, con antigüedad de mayo de 1815 . A principios de octubre se le dio el mando de la lancha cañonera n° 2 y pocos días después fue destinado al bergantín Trinidad, que habiendo sido capturado a los corsarios bonaerenses se encontraba aún en Guayaquil. A mediados de diciembre, luego que se determinara la venta de esa nave por el mal estado en que se encontraba para el servicio naval, Cortés fue nombrado subinspector interino del Arsenal, a cargo de pertrechos, y comandante de ingenieros .

Ansioso por tener el mando de una nave, a principios de 1817 pidió al brigadier Antonio Vacaro, nuevo comandante del Departamento Marítimo del Callao, ser nombrado comandante del bergantín Pezuela. Si bien inicialmente Vacaro se mostró inclinado a atender tal pedido, luego cambió de opinión, dando motivo a un indignado reclamo por parte de Cortés, quien llegó a solicitar que se le formara un consejo de guerra para esclarecer cualquier duda que pudiera existir sobre su patriotismo. Estas dudas ciertamente habían motivado el cambio de opinión de Vacaro, quien en abril de 1818 escribió al ministro de marina señalando sobre nuestro personaje lo siguiente :
“natural de Chile, es oficial de aptitudes y conocimiento en la profesión, pero en punto a opiniones políticas es tildado, hay datos de sus ideas en los principios de la insurrección de estos países, y por tanto aunque hubiese variado, como no hay pruebas positivas, no es prudente elegirlo para mandos ni otras comisiones que las de tierra, por no aventurar la suerte de las armas, comprometer su procedimiento y el honor del cuerpo. Tiene numerosa familia, su esposa demente y se halla en la mayor indigencia; lo que me ha detenido para enviarlo a Europa porque sería la ruina de esta casa; y pido a V.E. como un punto de preferente atención que no venga al destino oficial de naturaleza en las Américas, por los graves inconvenientes que la práctica manifiesta”.
Si bien la nota de Vacaro refleja las sospechas que Cortés levantaba entre sus superiores, tal actitud era extendida a otros americanos que servían a las armas españolas. Como el propio curso de las guerras de independencia habría de demostrar, no estaban errados en tales sospechas, tanto en el particular caso de Cortés como en el de muchos otros americanos, pero ciertamente el tema de la emancipación americana era mucho más complejo y no podía reducirse a juzgar a las personas por su lugar de origen. Cabe recordar que hubo numerosos hispanoamericanos que abrazaron fielmente, hasta el final, la causa realista; y que también hubo numerosos peninsulares que hicieron lo propio con la causa libertaria .

Por otro lado, a tenor de lo señalado por Vacaro, la situación personal de Cortés se había complicado. No sólo se había incrementado su familia, con el nacimiento de su quinto vástago, María del Carmen Francisca Josefa, el 17 de setiembre de 1817, sino que además su esposa había comenzado a mostrar signos visibles de una enfermedad de la que jamás pudo recuperarse . A ello se sumaba que aquel año falleció en Santiago su tío José Tomás, y si bien el marquesado de Cañada Hermosa había recaído en Ana Josefa, hermana del difunto, Eugenio Cortés debía finalmente asumir el mayorazgo asociado a dicho título, para lo cual había sido preparado por su ya difunto tío y mentor, el “taita” Pedro Dionisio Gálvez.
A pesar de las sospechas que sobre su lealtad existían, el 19 de octubre de 1818 Cortés fue destinado a la fragata Esmeralda como oficial de órdenes de la división que debía llevar pertrechos de guerra a Arica y Mollendo. En enero siguiente lo encontramos enviando a la Academia Real de Náutica de Lima algunas observaciones sobre diversos peligros a la navegación en la costa oeste americana, recopiladas de los informes de varios pilotos . Poco después, cuando la escuadra de Cochrane arribó a las costas peruanas, nuestro personaje aparece conspirando con José de la Riva-Agüero y otros miembros de las más elevadas clases sociales limeñas, ofreciendo al almirante chileno información sobre las fuerzas realistas existentes en el Callao. Tales hechos llegaron a ser conocidos por el virrey Pezuela, quien para evitar un escándalo mayúsculo por la calidad de los comprometidos determinó que tanto Riva-Agüero como Cortés saliesen de Lima bajo cualquier pretexto, mientras se conseguía una nave que los llevase a España. Pezuela trató este tema con el comandante de Marina del Callao “y lo previno reservadamente que se cumpliera lo acordado” . Fue por ello que el 29 de mayo de 1819 Cortés fue desembarcado de la Esmeralda y se dirigió por tierra a Arequipa , a órdenes del brigadier Mariano Ricarfort, comandante general del ejército de reserva estacionado en esa región, “para servir con sus conocimientos marineros al lado de aquel jefe por si los enemigos atentaban contra la costa de Arica” .
Cortés permaneció en Arequipa hasta principios de 1820, como ayudante de campo del mencionado brigadier. Conocemos, asimismo, que en setiembre de 1819 viajó a Caravelí para atender asuntos particulares, acompañado por su asistente, el soldado Juan Campillo . Ya en el Callao, el 22 de julio de 1820 fue destinado a la fragata Prueba , al mando del capitán de navío José Villegas, y un mes después lo encontramos como fiscal en la causa seguida por la pérdida de la fragata María Isabel .

El desembarco de las fuerzas patriotas en Paracas, en setiembre de 1820, motivó que el 10 de octubre zarparan con rumbo a Arica las fragatas Venganza y Prueba, con Cortés como segundo comandante de esta última, con órdenes de recoger las tropas del brigadier José Canterac que debían reforzar la capital del virreinato. Ambas fragatas arribaron a Arica el 12 de octubre y una semana después se hicieron a la vela en demanda del Callao, pero poco antes de entrar al puerto fueron alcanzadas por el bergantín goleta Nuestra Señora del Carmen, alias Inocencia, cuyo capitán, Nicolás Incháustegui, tenía correspondencia del brigadier Vacaro informándoles de la pérdida de la Esmeralda y de la delicada situación realista en el Callao. Luego de desembarcar a las tropas en Cerro Azul, el 29 de noviembre, el capitán de navío Villegas, comandante de la división, convocó a una junta de oficiales para evaluar las acciones a tomar, acordándose poner proa a Acapulco y tocar antes Panamá para informar al Ministerio de Marina sobre sus movimientos. De ese modo, el 26 de diciembre arribaron a Taboga y desde allí el teniente de navío Cortés fue enviado a Panamá con pliegos para el comandante general de dicha plaza. El 8 de enero de 1821, luego de conseguir algo de víveres y dinero, las dos fragatas volvieron a hacerse a la vela con rumbo a Acapulco, a donde arribaron pocas semanas más tarde.
Durante la estada en ese puerto, que se prolongaría varios meses, se tuvo conocimiento de la restauración de la constitución española de 1812, de la rebelión de las fuerzas españolas que al mando del general Riega estaban destinadas a América a principios del año 1820, y del llamado Plan de Iguala o de las Tres Garantías, que propiciado por el militar criollo Agustín Iturbide planteaba la independencia de México. En la medida en que estas noticias fueron siendo conocidas por las tripulaciones de las fragatas, se levantaron rumores y habladurías, que eventualmente llevaron a incidentes que amenazaban con quebrar la disciplina en ambas naves, en cuyas dotaciones se encontraban tanto criollos como peninsulares, liberales y conservadores. Cortés estuvo involucrado en estos hechos, siendo identificado como tal tanto por el Ayuntamiento de Acapulco como por el virrey mexicano, el general de la armada Juan Ruiz de Apodaca, conde del Venadito, quien en abril de ese año escribió al presidente de dicho ayuntamiento indicándole :

“yo había concebido de que D. Eugenio Cortés, a quien conozco, sería el que lo echaría todo a perder. Es un chileno de mala catadura e inclinado a todo lo que sea malo; por consiguiente tenga VS mucho cuidado con él, dígaselo al Sr. Villegas de mi parte”.
Resultaba claro que la situación a bordo de ambas fragatas podía tornarse insostenible, por lo que Villegas decidió hacerse nuevamente a la mar para evitar una crisis mayor. Con el fin de sacudirse del problemático Cortés, el jefe de la división lo envió a ciudad de México para pedir auxilio económico al virrey, pero en su trayecto a la capital virreinal entró en contacto con Iturbide, que al frente de un numeroso ejército marchaba contra las tropas de Juan O’Donojú, recién nombrado jefe político superior de México. El encuentro entre Cortés y las tropas trigarantes debió producirse a fines de agosto, conforme sugiere su tío, el ya mencionado canónigo José Cortés Madariaga, al señalar: “leí su nombre estampado en los papeles de Méjico a consecuencia de los tratados de Iguala y Córdova” . Lo cierto es que nuestro biografiado se incorporó al servicio mexicano el 3 de setiembre de 1821 con el grado de capitán de navío . Es muy probable que Cortés haya acompañado a Iturbide en su triunfal ingreso a la capital mexicana, el 27 de ese mes.

Mientras tanto, en Acapulco Villegas había tomado conocimiento de estos hechos, y también sabía que el almirante Cochrane había zarpado del Callao en busca de las dos fragatas a su mando. Por ello decidió dirigirse Guayaquil, a donde ingresó a principios de febrero de 1822, donde finalmente acordó entregar sus naves a los patriotas. La Prueba izó bandera peruana con el nombre de Protector y la Venganza fue entregada al gobierno de Colombia, siendo renombrada Cacique Guayas.
A fines de 1821 Cortés era el oficial de mayor graduación en la recién constituida armada mexicana, y como tal fue comisionado por Iturbide, a la sazón presidente de la junta de gobierno, para atacar San Juan Ulúa, donde la guarnición española aún ofrecía tenaz resistencia. Para cumplir este cometido se debía contar con buques de guerra que la flamante república no tenía. Era pues urgente proveerse de ellos, para lo cual se decidió que nuestro personaje se dirigiera a Estados Unidos a adquirir dos fragatas y ocho corbetas, aprovechando una oferta de financiamiento efectuada por el norteamericano José Ranich .
En cumplimiento de esa misión, el 13 de enero de 1822 Cortés salió de ciudad de México hacia Veracruz, a donde llegó once días más tarde. El 28 consiguió una nave que lo trasportó a La Habana, donde trasbordó a otra nave en la que finalmente arribó a Baltimore . Al parecer, las negociaciones para adquirir las naves de guerra habían sido ya adelantadas por el mencionado Ranich, siendo así que a fines de febrero la goleta Iguala, al mando de S. Ituarte, se encontraba en la bahía de Delawere dispuesta a salir hacia Baltimore para ponerse a órdenes de Cortés .
El arribo a este puerto debió producirse a mediados de marzo, pues el 22 de ese mes nuestro personaje instruía al comandante de la Iguala para que zarpara llevando a bordo al capitán Guillermo Thomson. Sin embargo, la presencia de dicha goleta en el puerto norteamericano no pasó desapercibida al agente consular español, quien protestó contra la infracción que Estados Unidos cometía a su neutralidad, forzando a postergar el zarpe .

Richard Meade, comerciante norteamericano que financió parte de esos iniciales esfuerzos mexicanos por adquirir armas en su país, pagó una elevada fianza para que finalmente dicha nave pudiera zarpar en abril . Por la misma fecha, Cortés concretó la construcción de la Anáhuac, goleta de 238 toneladas que pasó primero a Filadelfia, “trayendo el armamento en la bodega, el cual consistía de 12 cañones de a 18 con sus cureñas, además de otras armas menores y remos, etc. Fue despachada de aquí con alguna carga por Mr. R. Adams, al mando de un tal Whigman” .
Cortés también se hizo cargo de la adquisición de las cañoneras Chalco, Chapala, Texcoco, Orizaba, Campechana y Zumpango, que al arribar al puerto de Alvarado constituyeron con las goletas ya indicadas la primera escuadrilla mexicana. Poco después, el 25 de junio de 1822, se lanzó al agua, en Nueva York, la corbeta Nuestra Señora de Guadalupe, de 24 cañones, que debía ser seguida por las cañoneras Tuxpan, Papaloapan, Tampico y Tlaxcalteca. Sin embargo, debido a que las cartas de crédito que llevaba, giradas por Barry, no fueron reconocidas por las firmas comerciales que debían honrarlas, Cortés no pudo comisionar la corbeta y la entrega de las cuatro cañoneras se vio retrasada varios meses .
En los meses que permaneció en Baltimore, Cortés fue el único representante del nuevo gobierno mexicano, llevando a cabo gestiones diversas ante Henry Clay, secretario de Estado y ante el congreso norteamericano. Fruto de dichas gestiones fue el reconocimiento a la independencia mexicana y al flamante emperador Iturbide, elevado a esa dignidad en mayo de 1822 .

A mediados de enero de 1823 Cortés se encontraba en Nueva York en compañía de su hijo mayor, Felipe Eugenio, a quien había mandado llamar de Lima y “pensaba alistar en el Colegio de Baltimore”. Para entonces su familia había vuelto a incrementarse, pues en mayo de 1821 había nacido Manuela Ascensión Cortés Alcázar, en momentos en que Cortés navegaba del Callao hacia Acapulco a bordo de la Prueba.
Desde Baltimore nuestro personaje entró en contacto con su tío José Cortés Madariaga, quien en su respuesta lo instaba a retornar a Chile, a la par de pedirle noticias sobre su patria :
“siendo V. un mayorazgo, y rico propietario de su país nativo, yo querría mejor saber que se restituya a la cuna de sus padres y con su cara familia, con preferencia a otros placeres y goces que le facilite Méjico, revistiéndole con el carácter de su representante en la corte de Washington”.
A fines de ese mismo mes, Cortés se encontraba de retorno en Veracruz, siendo comisionado por el emperador Iturbide para que con el lambayecano Francisco de Paula Álvares, su secretario privado, se reunieran con los diputados españoles Santiago Irisarry, oficial de la armada, y Juan Ramón Osés, antiguo oidor de la audiencia de México, para negociar la pacificación y subsanación de los disgustos anteriores. Los negociadores españoles arribaron a Veracruz en el momento en que tenía lugar la insurrección de Guadalupe Victoria y Santa Anna contra Iturbide, pese a lo cual pudieron reunirse con Cortés y Álvares, sin lograr resultados positivos. A mediados de febrero Cortés pasó a ciudad de México, siendo ascendido a brigadier en el siguiente mes , pocos días antes que Iturbide dimitiese al cargo de emperador.

Nuestro personaje habría de permanecer en ciudad de México y en algunas localidades cercanas, como Pachuca, hasta principios de octubre, cuando el nuevo gobierno volvió a enviarlo a Estados Unidos para velar por la construcción o adquisición de otras naves para la armada mexicana. Fue así que en esa fecha se dirigió al puerto de Veracruz para embarcarse hacia Filadelfia en el bergantín norteamericano George, acompañado nuevamente por su hijo Felipe Eugenio . Al parece la nave tuvo que enfrentar dificultades en la navegación, embarcando crecientes cantidades de agua que forzaron a su capitán a arribar a Mobile, en Alabama, donde Cortés tomó conocimiento de los avances norteamericanos en Texas, especialmente el que llevaba a cabo el coronel Stephen F. Austin en la zona del río Colorado, reclamando contra ello . No conocemos si continuó viaje en el mismo bergantín o en otra nave, pero debió llegar a su destino donde permaneció algunos meses antes de retornar a Veracruz a fines de junio de 1824 . Pasó luego a México y en enero de 1826 lo volvemos a encontrar en Filadelfia vigilando la habilitación del bergantín Guerrero. Permaneció en dicha ciudad hasta fines de 1827 .
En esos años continuó vinculado de alguna manera a sus viejas amistades británicas, que veían con recelo la creciente competencia comercial norteamericana en las nuevas repúblicas, especialmente luego que el presidente norteamericano James Monroe pronunciara su mensaje al congreso de ese país en diciembre de 1823, señalando que:

“en lo sucesivo el Hemisferio Occidental quedaba cerrado a nuevas colonizaciones europeas, que las potencias europeas no debían interferir en los movimientos de independencia en América Latina y que el Hemisferio Occidental era tan diferente de Europa que realmente existían ‘dos esferas’, ninguna de las cuales debía interferir en los asuntos de la otra” .
Para los británicos, que hasta entonces gozaban de una importante posición comercial en las nuevas repúblicas, el mensaje de Monroe resultaba amenazador. Similar percepción tenían Cortés y otros agentes de las nuevas repúblicas, que temían que Estados Unidos pudiera llegar a controlar a sus respectivos países. Esos temores se plasmaron en diversos comentarios, algunos de los cuales estuvieron vinculados a un supuesto complot norteamericano por lograr hacerse del control de Cuba. Cortés se convirtió en uno de los propaladores de ese rumor, informando al respecto al gobierno mexicano y deslizando la noticia a la prensa de ese país. Al tomar conocimiento de la participación de nuestro personaje en estos hechos, el ministro norteamericano en ciudad de México calificó a Cortés como el “más activo y malicioso” de los agentes mexicanos en Estados Unidos .
No hemos encontrado evidencias de que estos comentarios hayan influido en un incidente que llevó a Cortés a la cárcel en Filadelfia, pero ciertamente pudieron haber tenido algo que ver en el asunto. Lo cierto es que, seguramente como consecuencia de las luchas internas mexicanas, en abril de 1827 el gobierno de esa república dejó de enviarle los fondos que nuestro biografiado debía aplicar al pago de un compromiso asumido a nombre de dicho gobierno. A resultas de ello, fue detenido por unos días hasta que el ya mencionado Richard Meade pagó la fianza respectiva .

Volvemos a tener noticias de él en noviembre de 1827, cuando retornó a ciudad de México con intenciones de pasar al Perú a reunirse con su familia, de la cual llevaba separado varios años. Con ese propósito solicitó licencia por dos años, la misma que le fue otorgada por el presidente Guadalupe Victoria hacia fines de abril o principios de mayo de ese año, pero hubo de dilatar su partida hasta principios de 1829, luego que se aprobaran las cuentas de su última misión en Estados Unidos y que se encontrara disponible un buque para llevarlo a él y a su hijo Felipe Eugenio a Sudamérica . Este último seguiría viaje poco después hacia Santiago de Chile, donde vivía su tía Ana Josefa Azúa, la marquesa de Cañada Hermosa.
En ruta a Acapulco, a donde arribo a principios de febrero de 1829, Cortés pasó por Cuernavaca para visitar a su paisano y amigo Juan Bautista de Eguía, con quien sostenía periódica correspondencia. Tras una breve estada en la casa de Eguía, a fines de ese mismo mes, Cortés y su hijo lograron embarcarse en una nave que los transportaran a Guayaquil, donde se embarcaron en el bergantín goleta colombiano María, al mando del capitán José Agustín Zubillaga, a bordo del cual arribaron al Callao en julio de 1829 . Se hallaba como comandante general de la Armada Peruana un viejo conocido suyo, el contralmirante José Pascual de Vivero, antiguo jefe del apostadero naval español, ante quien se presentó poco después de desembarcar

Además de su familia, nuestro personaje tenía en Lima numerosas amistades y varios parientes, que pronto se movilizaron para ayudarlo a establecerse en la capital peruana. El primer paso para ello fue buscar que tanto la Armada como el Senado lo habilitaran como ciudadano peruano y reconocieran su grado militar, cosa que lograron el 17 de octubre de ese mismo año, con apoyo del ya mencionado contralmirante Vivero y de los senadores José María Cano, José Braulio Camporredondo, Antonio Rodríguez y Juan Escobedo .
A principios de febrero de 1830 fue nombrado director del Colegio Militar, con un sueldo mensual de 277 pesos y al comenzar 1831 lo encontramos formando parte del tribunal que tuvo que dictaminar en el caso de la detención por parte de buques de la Estación Naval Británica del bergantín mexicano Hidalgo, de propietarios británicos, acto que había generado un serio incidente internacional . En 1832 figura apoyando a Juan de Dios Cañedo, enviado extraordinario y ministro plenipotenciario de México, a establecerse con su familia en Lima , y a comienzos de 1834 aparece apoyando al pintor y viajero alemán Juan Mauricio Rugendas, por especial recomendación de sus amigos mexicanos Miguel Santa María, José Morán y Carlos Sotomayor .

En 1833 tuvo lugar un accidentado proceso electoral que concluyó en diciembre de aquel año cuando la Convención Nacional eligió como presidente de la República al general de división Luis José de Orbegoso y Moncada. Tal elección representaba un duro golpe contra el ala militarista liderada por el ex-presidente Agustín Gamarra, la que reaccionó con creciente animadversión hacia el nuevo presidente. Ante estos hechos, Orbegoso se trasladó al Callao, disponiendo una serie de cambios y nombramientos militares que empujaron al general Pedro Bermúdez, candidato de Gamarra derrotado en las referidas elecciones, a levantarse con la guarnición de Lima el 3 de enero de 1834. La Armada se manifestó abiertamente a favor del presidente constitucional, y muchos de sus miembros que se encontraban en la capital al estallar la revolución se dirigieron al puerto, que pronto quedó sitiado por las fuerzas gamarristas. Entre aquellos que pasaron de Lima al Callao se encontraron los integrantes de la sección naval del Colegio Militar, forzando a Cortés a clausurar las actividades del Colegio Militar.
Si bien Gamarra obtuvo el apoyo de algunas guarniciones en el interior, muchas más se pronunciaron por la causa constitucional, lo que pronto afectó la disciplina en las fuerzas que sitiaban el Callao. Las deserciones fueron en aumento y el 24 de enero Gamarra decidió replegarse hacia la sierra con las tropas que aún le permanecían fieles. Cuatro días después, cuando dicha retirada tomaba efecto, la población limeña se levantó contra los sediciosos, forzándolos a apresurar el abandono de la capital y llevando a cabo varios desmanes, entre ellos el saqueo del Colegio Militar. El 29 por la mañana, Orbegoso entró a la ciudad y pronto inició un ajuste de cuentas con aquellos que se habían plegado a la causa de su opositor, o que simplemente no se le habían unido en el Callao.

Entre estos últimos se encontraban Cortés y otros generales que permanecieron en Lima durante esos sucesos, siendo acusados de deserción, desobediencia y sedición. El hecho es que Cortés se había visto obligado a asistir a algunas ceremonias de reconocimiento del nuevo gobierno y a presentarse en la línea de sitio del Callao. La defensa de Cortés, a cargo del notable tribuno Felipe Pardo, logró liberarlo de todas esas imputaciones en octubre de 1834, señalando que si bien había tomado parte en esos hechos, lo había realizado forzado por la situación y sin tomar parte activa en la revolución, negándose asimismo a proporcionar información sobre las defensas del puerto .
La guerra civil entre Gamarra y Orbegoso obligó a este último a desplazarse al sur para dirigir las operaciones militares, dejando al frente del gobierno a Manuel Salazar y Baquíjano. En febrero de 1835, el joven general Felipe Santiago Salaverry, gobernador de las fortalezas del Callao, se sublevó contra Orbegoso, logrando que las fuerzas navales peruanas se plegaran a su causa. Esta compleja situación marcó el preludio de la Confederación Perú-Boliviana. Si bien Cortés permaneció sin colocación después de concluido el juicio antedicho, era claro que no simpatizaba con Orbegoso. Por esos motivos, en marzo de 1835 solicitó licencia para pasar a Chile por un periodo de ocho meses, zarpando a fines de noviembre de ese año a bordo de la corbeta francesa Nereida en compañía de su criado Juan Pérez .

Desde Chile se mantuvo al tanto de los acontecimientos peruanos, siendo así que al tomar conocimiento de los intentos de sobornar a la tripulación del bergantín Congreso para que se pase a la causa de Orbegoso, ocurridos en Arica a fines de setiembre de ese año, escribió un documento titulado “Estrategia orbegosista practicada entre el general Althaus y el comandante del bergantín de guerra Congreso, don José Salcedo, en setiembre de 1835” .
El 4 de marzo de 1836 Cortés arribó al Callao a bordo del bergantín británico Amalia , dirigiéndose de inmediato a Lima para gestionar una nueva licencia, esta vez por un año, para pasar a Chile con su familia. Lograda la misma, el 9 de abril se embarcó en la fragata mercante inglesa Bee, al mando del capitán José Cornich, “con su familia compuesta de tres hijas, tres sirvientas y dos asistentes” . En Lima quedaron su mujer, Leandra María del Carmen del Alcázar y Arguedo, quien fallecería algunos años más tarde; y su hija Francisca de Paula Dominga Cortés del Alcázar, quien en 1831 había contraído matrimonio con José de la Puente Querejazu.
Cortés y sus hijos se asentaron en Santiago de Chile, de donde nuestro personaje se ausentó con mucha frecuencia para visitar sus propiedades campestres, correspondientes al mayorazgo de Cañada Hermosa. También debió seguir con suma atención la formación de la Confederación Perú-Boliviana y la lucha que contra ella entabló el gobierno chileno ayudado por muchos peruanos expatriados. Conforme señaló años más tarde su hija Carmen, Cortés se siguió considerando ciudadano peruano y por ello no quiso servir al gobierno chileno . Pese a ello, Virgilio Figueroa señala que participó en la vida pública de ese país, llegando a ser elegido senador, aun cuando no consta este hecho en los anales parlamentarios chilenos ni en la documentación personal de Cortés .